तंजावुर चोलों के शासन के दौरान और विशेष रूप से पहले राजराज चोलन के शासन के दौरान महिमा की ऊंचाई पर था, जिसने भगवान शिव के लिए बृहदेश्वर मंदिर का निर्माण किया था। जब उनके बेटे राजेंद्र चोलन ने तंजावुर से गंगैकोण्ड चोलपुरम् में राजधानी स्थानांतरित कर दी तो ध्यान तंजावुर से स्थानांतरित हो गया।
विजयनगर साम्राज्य के शासकों ने जब तंजावुर पर अपना ध्यान केंद्रित किया, तो इसने एक बार फिर सुर्खियों बटोर ली थीं। विजयनगर राजाओं ने 14 वीं शताब्दी ईस्वी में तंजावुर के शासनकाल पर कब्जा कर लिया सेवप्पा नायक (1549-1572 ईस्वी), विजयनगर साम्राज्य के एक वायसराय ने स्वतंत्र प्रभार संभाला और तंजावुर नायकों के राजवंश की स्थापना की। उन्होंने एक नया किला बृहदेश्वर मंदिर को शामिल करते हुए बनाया जिसे शिवगंगा किले के नाम से जाना जाता है - उनके नाम पर। तंजावुर विजयराघव के शासनकाल तक अगले एक सौ पच्चीस वर्षों तक नायकों की राजधानी बना रहा - लाइन में अंतिम राजकुमार।
जबकि तंजावुर के शासक नायक विजयनगर साम्राज्य के प्रति वफादार थे, मदुरै (अलागिरी) के नायक तंजावुर की शक्ति पर कब्जा करना चाहते थे और तंजावुर नायकों के तत्कालीन शासक विजयराघवन को निचे लाने में सफल रहे थे। विजयराघवन के एक पुत्र ने बीजापुर सुल्तान को तंजावुर सिंहासन वापस पाने में मदद करने के लिए प्रेरित किया। 1675 में, बीजापुर के सुल्तान ने मराठा जनरल वेंकोजी (उर्फ एकोजी और शिवाजी के सौतेले भाई) की कमान में एक बल भेजा ताकि नए आक्रमणकारी से राज्य को वापस ले लिया जा सके। वेंकोजी ने अलागिरी को हराया, और तंजावुर पर कब्जा कर लिया। हालाँकि, उन्होंने बीजापुर सुल्तान के निर्देशानुसार सिंहासन पर अपने शिष्य को नहीं रखा, लेकिन राज्य को जब्त कर लिया और खुद को राजा बना लिया। इस प्रकार तंजावुर पर मराठों का शासन शुरू हुआ।
जब तंजावुर में वेंकोजी द्वारा मराठा शासन स्थापित किया गया था, तो छत्रपति शिवाजी ने समर्थ रामदास से अनुरोध किया था कि वेनकोजी का मार्गदर्शन करने के लिए तंजावुर जाएं। यह सर्वविदित है कि छत्रपति शिवाजी ने समर्थ रामदास को अपना गुरु और मार्गदर्शक स्वीकार किया था। शिवाजी के अनुरोध पर समर्थ रामदास तंजावुर आए थे। उस यात्रा के दौरान उन्होंने रामेश्वरम की तीर्थयात्रा भी की थी। समर्थ रामदास श्रीराम के परम भक्त हैं। उन्हें भगवान हनुमान का पुनर्जन्म माना जाता है। उन्होंने कई दिनों तक श्रीराम का ध्यान किया था। परंपरा कहती है, भगवान पांडुरंग विट्टल स्वयं रामदास के सामने प्रकट हुए और उन्हें पंढरपुर की यात्रा के लिए ले गए और उन्हें श्री राम के रूप में दर्शन दिया।
उन्होंने "त्रयोदाक्षरी मंत्र" "श्री राम जय राम जय जय राम" दिया। रामदास ने सनातन धर्म के मूल्य का प्रसार करने के लिए अपने शिष्यों को भारत के सभी हिस्सों में भेजा। उत्तर में उनके शिष्यों और मठों ने प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष रूप से शिवाजी और सनातन धर्म के शासन को फिर से स्थापित करने में उनके काम में मदद की। उनकी सलाह का शब्द था: "अपनी शारीरिक इच्छाओं के बारे में ज्यादा मत सोचो। भक्तों के साथ सत्संग करें। भगवान राम की छवि अपने हृदय में रखें। भगवान राम का नाम सदैव दोहराएं। वासना, लोभ, क्रोध, घृणा और अहंकार का नाश करें। सभी प्राणियों में भगवान राम के दर्शन करें। सभी से प्यार करो। हर जगह उसकी उपस्थिति महसूस करें। अकेले उसके लिए जिओ। सभी प्राणियों में उसकी सेवा करें। उसके सामने पूर्ण और अनारक्षित आत्मसमर्पण करें। तुम सदैव उसी में अकेले रहोगे। तुम अमरत्व और शाश्वत आनंद प्राप्त करोगे"।
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मराठा शासन तंजावुर राजधानी के रूप में स्थापित किया गया था उस के साथ दक्षिण में रामदास का संगठन फैल गया था। रामेश्वरम की अपनी पवित्र तीर्थयात्रा के दौरान समर्थ ने श्री राम भक्ती के प्रचार के लिए तंजावुर और उसके आसपास तीन प्रमुख केंद्र स्थापित किए थे। पहला तंजावुर में महंत के रूप में भीमराज गोस्वामी के नाम से जाने जाने वाले श्री भिक्कजी बावा [शाहपुरकर] के साथ था। दूसरा मन्नारगुडी में महंत के रूप में श्री अनंत मौनी के साथ, और तीसरा पुन्नानल्लूर मरियम्मन कोइल के पास कोन्नूर में महंत के रूप में श्री राघव स्वामी के साथ.
मन्नारगुडी तिरुवरूर जिले में और तंजावुर के पास एक शहर है। यह स्थान राजगोपालास्वामी मंदिर के लिए जाना जाता है, जो एक प्रमुख वैष्णव मंदिर है। श्री समर्थ रामदास ने मुख्य महंत के रूप में श्री अनंत मौनी स्वामी के साथ इस स्थान पर अपना मठ स्थापित किया। इस स्थापना के लिए तंजावुर के राजा श्री वेंकोजी द्वारा भूमि दान की गई थी।
श्री अनंत मौली स्वामी समर्थ रामदास द्वारा स्थापित परंपरा के अनुसार श्री राम भक्ती का प्रचार कर रहे थे, जिसका मुख्यालय मन्नारगुडी था। उनके दो शिष्य थे अर्थात् श्री मेरु स्वामी और श्री मेघाश्याम स्वामी। श्री मेरु स्वामी के दो शिष्य थे, जिनके नाम श्यामराज स्वामी और सेतु स्वामी थे। 1693 में श्री अनंत मौली स्वामी की मुक्ति के बाद श्री मेरु स्वामी ने मुख्य महंत के रूप में पदभार संभाला।
अपने गुरु श्री अनंत मौली से श्री समर्थ के दर्शन को सीखने के प्रति श्री मेरु स्वामी के समर्पण ने उन्हें श्री समर्थ के काम और दर्शन को समझाने वाले महानतम लोगों में से एक बना दिया था। इसके प्रति उनका योगदान और आने वाली पीढ़ियों के लिए वे जो साहित्यिक कार्य छोड़ गए थे, वह उनकी विद्वानता की महानता का प्रमाण है।
उनके बाद श्री मेघश्याम स्वामी और फिर श्री सेतु स्वामी ने श्री राम भक्ति का प्रचार करते हुए मन्नारगुडी केंद्र का नेतृत्व किया था। आज भी श्री मेरु स्वामी के शिष्य, श्री समर्थ द्वारा स्थापित परंपरा के अनुसार श्री राम बक्ती का प्रचार कर रहे हैं।
श्री समर्थ रामदास केंद्र की स्थापना मन्नारगुड़ी में श्री अनंत मौली के मठाधीश [महंत] के रूप में की गई थी। मठ में श्री रामास्वामी मंदिर की भी स्थापना की गई थी। यह केंद्र "हरिद्र नाधी" के रूप में जाना जाने वाला महान मंदिर टैंक और इस टैंक के आसपास के कई मंदिरों की देखभाल करता था।
केंद्र परिसर में, श्री समर्थ ने स्वयं श्री मारुति का एक मूर्ति स्थापित किया था और प्राण प्रतिष्ठा किया था। श्री मारुति के मूर्ति पर सिंदूर लगा दिया गया था। मारुति का नाम "श्री प्रतापवीरा मारुति" रखा गया था। यह वर्ष 1677 के दौरान की बात है।
श्री समर्थ संप्रदाय श्री मेरु स्वामी मठ वर्तमान में मन्नारगुडी में श्री रामास्वामी सेंतुरा अंजनेय मंदिर के रूप में जाना जाता है और पूर्व की ओर तिरुमंजना वीधी पर स्थित है। मंदिर चारों तरफ दीवारों के साथ दिखाई देता है। मंदिर का बाहरी आंगन है। सबसे पहले हम मुख मंडप देखते हैं और इसके उत्तरी हिस्से में एक लकड़ी का हॉल है। वहाँ श्री राम पट्टाभिषेक और अन्य देवताओं की तस्वीर देखी जा सकती है। इसके सामने एक प्रवेश द्वार है। इसके माध्यम से कोई भी मुख्य मंडप में प्रवेश कर सकता है; वहाँ उत्तर की ओर मुख करके ’सेंदूरा अंजनेय’ [सिंदूर हनुमान] है।
अर्थ मंडप में श्री सीताराम पंचायतना मुर्थीज़ के दो सेट हैं। इसके समीप पूर्व की ओर मुख करके श्री दास मारुति का पंचलोक विग्रह है। इसके बगल में गर्भगृह है। गर्भगृह में काले पत्थरों से बनी श्री सीताराम पंचायतना मूर्ति की मूर्तियां दिखाई देती हैं।
श्री अंजनेय का मुर्थम लगभग छह फीट ऊंचा है जो सिंदूर से लिपटा हुआ है। मूर्ति खड़ी मुद्रा में और सीधे भक्त की ओर देखती हुई दिखाई देती है।
भगवान के दोनों चरणों में 'ठंडाई' दिखाई देती है। घुटने के पास सजावटी माला जैसा एक आभूषण है जो उनके दाहिने कमल के चरणों को सजाती है। जबकि एक राक्षस प्रभु के बाएं कमल के चरणों के नीचे फंसा हुआ दिखाई देता है, उसके दाहिने कमल के पैर जमीन पर दृढ़ दिखाई देते हैं। भगवान ने मुज्जा की तिहरी डोरी से बना लंगोट और करधनी पहनी हुई है- दाहिने हाथ को सुशोभित करने वाला उनका कंगन उठा हुआ है और 'अभय मुद्रा' दिखा रहा है, और अपने भक्तों पर आशीर्वाद बरसा रहा है। बाएं हाथ की शोभा बढ़ाने वाला उनका ब्रेसलेट उनकी छाती पर आराम करते हुए दिखाई दे रहा है। उसकी छाती पर सजावटी आभूषण दिखाई देता है। उसकी लम्बी उठी हुई पूंछ उसके सिर के ऊपर जाती है और एक छोटे से मोड़ के साथ उसके बाएं कंधे के पास समाप्त होती है। पूंछ के अंत में एक छोटी घंटी भी दिखाई देती है। भगवान ने कुंडल [कान-स्टड] पहने हुए हैं जो उनके कंधों को छू रहे हैं। सिर के ऊपर गाँठ में बंधे बड़े करीने से कंघी किए गए 'शेका' को देखा जा सकता था।
भगवान की विशिष्टता यह है कि वह सिंदूर से लिपटे हुए हैं और वह दोनों आंखों से सीधे भक्तों का सामना कर रहे हैं। उसकी उज्ज्वल आंखें भक्त पर परोपकार फैला रही हैं। भारत के दक्षिण में 'सिंदूर' के साथ श्री मारुति मिलना दुर्लभ है।